Changes between Version 34 and Version 35 of Software


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Timestamp:
Jun 3, 2019, 4:42:53 PM (5 years ago)
Author:
Mikael Brandström Durling
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  • Software

    v34 v35  
    1010
    1111=== Python
    12   * [Software/Python]
     12  * [[Software/Python]]
    1313  * Software/NumPy
    1414  * Software/BioPython
    … …  
    1616
    1717
     18== Legacy
    1819
     20The following software and modules used to be available before the grid upgrade. They have not been tested on the new grid, but may work without any issues. If you need to use them. Please try out. To load them, first load the module load the module "legacy", and then the appropriate module. If the software fails, please ask create an issue here in Trac and ask for the software or drop a mail to Les.
    1921
     22{{{
     23   AEGeAn/0.9.3                   emboss/6.6.0                       openmpi/2.0.3        (D)
     24   AEGeAn/0.9.4            (D)    exabayes/1.5                       openpyxl/2.2.2
     25   PBSuite/14.6.24                exonerate/2.2.0                    orthofinder/1.1.8
     26   R/2.12.0                       fastme/2.1.5                       orthomcl/2.0.8
     27   R/2.15.1                       fastqc/0.10.1                      p/mykopat-gbrowse
     28   R/3.0.2                 (D)    fastqc/0.11.5               (D)    paml/4.7
     29   R/3.2.0                        faststructure/1.0                  parallelfork/1.1
     30   R/3.4.1                        fastx_toolkit/0.0.13.2             pbh5tools/0.8.0
     31   abyss/1.3.4                    filespeclink/filespeclink          pear/0.9.10
     32   abyss/1.3.5_kmer128            flexbar/3.0.3                      perl/5.16.1
     33   abyss/1.3.5                    frc_align/20130408                 perl/5.16.2          (D)
     34   abyss/1.3.6_kmer128            freebayes/0.9.6                    phylip/3.695
     35   abyss/1.3.6             (D)    freebayes/0.9.21                   picardtools/1.107
     36   amos/3.1.0                     freebayes/1.0.0-19-gefe685d (D)    picardtools/2.10.0   (D)
     37   antismash/2.0.2                gatk/2.8-1                         pysam/0.7.4
     38   antismash/3.0.5.1       (D)    gatk/3.7.0                         python/2.7.3
     39   augustus/2.6.1                 gatk/4.0.5.1                (D)    python3/3.3.2
     40   augustus/2.7                   gcc/7.1.0                          python3/3.3.3
     41   augustus/3.0.3          (D)    geneid/1.4.4_110113                pyvcf-py3/0.6.7
     42   bamm/2.5.0                     genometools/1.5.2                  pyvcf/0.6.3
     43   bamtools/2.2.3                 glimmer/3.0.2                      qiime/1.7.0
     44   bcftools/1.2                   glimmerhmm/3.0.2                   qiime/1.8.0
     45   beast/1.8.4                    gmake/3.82                         qiime/1.9.1          (D)
     46   bedtools/2.16.2                gmes/2.3e                          quast/2.3
     47   bioperl/00-2.1.8               grinder/0.5.4                      repseek/091209
     48   bioperl/1.6.901-p5162   (D)    gsnap/2013-11-27                   rocker/1.1.12
     49   biopython-py3/1.63             hdf5/1.8.13                        salmon/0.9.1
     50   biopython-py3/1.65             hisat2/2.0.4                       samtools/0.1.18
     51   biopython/1.60                 hisat2/2.1.0                (D)    samtools/1.2
     52   biopython/1.64                 hmmer2/2.3.2                       samtools/1.8         (D)
     53   biopython/1.66          (D)    hmmer3/3.0                         scipy-py3/0.13.1
     54   blasr/2014.07.09               htslib/1.8                         scipy/0.11.0rc2
     55   blast2go                       iprscan/4.8_db39                   seqtk/seqtk
     56   blat/35                        iqtree/1.5.5                       sga/0.10.1
     57   bowtie/0.12.9                  jre/1.6.0_39                       sina/1.2.11
     58   bowtie2/2.0.0-beta7            jre/1.7.0_11                       snap/2012-05-17
     59   bowtie2/2.0.2                  jre/1.7.0_51                       soapdenovo/1.05
     60   bowtie2/2.1.0                  jre/1.8.0_60                (D)    solexaqa/3.1.7
     61   bowtie2/2.2.3                  kallisto/0.45                      spades/3.6.0
     62   bowtie2/2.2.4                  legacy-blast/2.2.26                structure/2.3.4
     63   bowtie2/2.3.2           (D)    libfuse3/3.2.0                     structure/2.3.4.1    (D)
     64   bwa/0.5.10                     mafft/6.94                         tassel/5.0
     65   bwa/0.6.2                      matplotlib-py3/1.3.1               tophat/2.0.3.1
     66   bwa/0.7.4               (D)    matplotlib/1.2.0rc1         (D)    tophat/2.0.6
     67   bzip2c/1.0.6                   mavid/2.0.4                        tophat/2.0.9
     68   cafe/2.2                       mcl/12.068                         tophat/2.0.11
     69   cafe/3.1                (D)    meme/4.10.0                        tophat/2.0.13        (D)
     70   cdhit/4.6.1                    mercator/2013.01.11                trac/1.0.1
     71}}}
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